Сюжет Prey довольно прост. Главный герой - индеец Томми Хок, отслужив в корпусе армейских рейнджеров возвращается в родную резервацию Таликваа и устраивается работать механиком. Томми - типичный американец, несмотря на свои индейские корни, в родной резервации он остается лишь из-за подружки Дженни, которая не хочет уезжать в большой город. Все случается в один вечер, когда над резервацией возникает космический корабль и начинает всасывать все живое (да и неживое тоже), в том числе и подружку Томми...
А что с ним происходило дальше мы узнаем лишь после выхода игры, намеченного на начало 2006 года. Движок для игры был куплен один из самых мощных - DOOM III. Также, совсем недавно, игра обзавелась защитой от читеров - PunkBuster.